Na obszarze Nadleśnictwa Lubaczów wprowadzono wiele form ochrony przyrody. Do najważniejszych należą obiekty chronione w oparciu o ustawę o ochronie przyrody:

• Południoworoztoczański Obszar Chronionego Krajobrazu,
• Południoworoztoczański Park Krajobrazowy
• Leśny rezerwat przyrody Jedlina w leśnictwie Załuże, chroniący starodrzew na wschodniej granicy zasięgu występowania jodły
• Florystyczny rezerwat przyrody Kamienne w leśnictwie Nowa Grobla, chroniący rzadkie zbiorowisko roślinne świetlistą dąbrowę
• Florystyczny rezerwat przyrody Moczary w leśnictwie Łukawiec, chroniący duże skupisko czosnku siatkowatego
• Pomniki przyrody: Gruba Sosna w leśnictwie Polanka, dęby szypułkowe w leśnictwie Krowica, dęby szypułkowe w leśnictwie Budomierz,
  5 Sosen przy granicy leśnictwa Krowica oraz grupa ostańców wapiennych tzw. Diabelski Kamień w leśnictwie Werchrata
• Stanowisko dokumentacyjne – wychodnie wapienne w leśnictwie Dziewięcierz tzw. Kamienie Kultu Słońca

Ponadto na przylegających do Nadleśnictwa gruntach Gminy Horyniec w Dziewięcierzu znajduje się rezerwat Sołokija, chroniący duże skupisko jałowców.

Nadleśnictwo systematycznie sporządza nowe wnioski o ustanowienie nowych form ochrony; obecnie zostały przesłane do Wojewody Podkarpackiego wnioski o ustanowienie stanowiska dokumentacyjnego w piaskowni w Dziewięcierzu oraz o objęcie ochroną pomnikową alei dębowej w Hucie Kryształowej, dębów i wejmutek w dawnym parku przy posiadłości Andruszewskich oraz kilkunastu dębów i wiązu górskiego w leśnictwie Łukawiec.

   Równie istotne są poza ustawowe formy ochrony przyrody. W Planie Urządzenia Gospodarstwa Leśnego Nadleśnictwa Lubaczów opisano kilkadziesiąt proponowanych użytków ekologicznych i cennych fragmentów rodzimej przyrody: bagien, wydm, turzycowisk, torfowisk, stanowisk rzadkich i chronionych roślin itp. Wszystkie te powierzchnie chronione są na mocy wspomnianego PUGL.

  Na obszarze Nadleśnictwa występuje wiele rzadkich i chronionych gatunków roślin i zwierząt. Wśród roślin do najciekawszych należą: widłaczek torfowy, powojnik prosty, groszek wschodniokarpacki, kłokoczka południowa, lulecznica kraińska, cebulica dwulistna, kruszczyk siny, buławnik wielkokwiatowy, złoć pochwowlistna, turówka leśna, czosnek siatkowaty, a także, wpisane do Czerwonej Księgi, Carex stenophylla Wahlb. i turzyca zgrzebłowata. Występują tu również chronione gatunki grzybów m.in. soplówka jodłowa, podgrzybek pasożytniczy, szmaciak gałęzisty i purchawica olbrzymia. Wśród zwierząt do najciekawszych należą: wilk, ryś, bóbr, wydra, orlik krzykliwy i puszczyk uralski.

  Na terenie Nadleśnictwa Lubaczów znajduje się również wiele osobliwości przyrodniczych: malownicze źródła dopływów Raty, Sopotu, Słotwiny, Brusienki i Świdnicy, odkrywki w kamieniołomie w Bruśnie oraz odkrywki z glebami reliktowymi terra fusca w okolicach Dziewięcierza. Występuje tu również bardzo dużo ciekawych obiektów historyczno-kulturowych: pozostałości nieistniejących już wsi i przysiółków ukraińskich – cmentarze i cerkwiska – w Bruśnie Starym, na Monasterzu, w Sieniawce; cmentarze wojenne z I wojny światowej w Nowinach Horynieckich i na Monasterzu; umocnienia radzieckie na linii Mołotowa; dawne łomy w Werchracie, Dziewięcierzu i Polance.