Wyjątek stanowią drzewostany jesionowe, w których tak jak w całym kraju nadal postępuje nie poznana jeszcze do końca choroba zamierania jesionów. Występujący w lasach krośnieńskich opór środowiska wpływa na populacje różnych gatunków zwierząt w sposób uniemożliwiający osiągnięcie nadmiernej liczebności osobników, co ma szczególne znaczenie w przypadku szkodliwych owadów. Gradacje szkodników liściożernych na terenie RDLP
w Krośnie są rzadkością, dzięki czemu nie ma konieczności ingerencji w środowisko poprzez wykonywanie wielkoobszarowych zabiegów ratowniczych przy użyciu środków chemicznych. Niezbędne są natomiast kompleksowe działania ograniczające liczebność chrabąszczy, których masowe występowanie w północno-wschodniej części RDLP notowane było już od lat 30-tych XX wieku, a od roku 1995 ma wyraźną tendencję wzrostową.

Największym problemem ze strony „świata grzybów" na Podkarpaciu jest porażenie drzewostanów przez raka jodły. Występowanie tej choroby wprawdzie w ostatnim dziesięcioleciu zmniejszyło się diametralnie, dzięki zapobieganiu infekcji poprzez usuwanie w odpowiednim terminie porażonych pędów bądź osobników zarówno w uprawach, młodnikach jak i w drzewostanach starszych, jednak pomimo tych działań powierzchnia występowania raka jodły w ostatnich latach przekracza 5 tys. ha i jest najwyższa w skali kraju. Działania zwalczające podejmowane są rokrocznie na pow. ok. 1,5 tys. ha.
Oprócz raka jodły znaczące zagrożenie występuje na gruntach porolnych ze strony patogenów korzeniowych, a zwłaszcza opieniek, których areał występowania wynosi ok.  1 tys. ha. Działania zapobiegające rozprzestrzenianiu się zarówno opieńkowej zgnilizny korzeni jak również huby korzeni prowadzone są przede wszystkim poprzez nanoszenie na pniaki sosny biologicznych preparatów zawierających saprofityczny grzyb Phlebiopsis gigantea (średniorocznie na pow. ok. 200 ha) oraz poprzez usuwanie porażonych osobników (średniorocznie na pow. ok. 180 ha).
Największym jednak zagrożeniem dla trwałości lasu są mające tendencję wzrostową szkody od zwierzyny, które odnotowano ostatnio na pow. ok. 9 tys. ha (w tym szkody istotne na pow. 1,5 tys. ha).

Celem ich zapobiegania stosowane są powszechnie różnego rodzaju zabezpieczenia sadzonek, głównie przy użyciu repelentów (średniorocznie na pow. ok. 7700 ha), ogrodzeń (średniorocznie na pow. ok. 600 ha) oraz indywidualnych mechanicznych zabezpieczeń sadzonek takich jak spiralki, wełna owcza, pakuły, tuby oraz paliki w przypadku modrzewia (średniorocznie na pow. ok. 600 ha). Koszty tych zabezpieczeń są bardzo wysokie. Ich udział w całkowitych kosztach ochrony lasu stanowi ponad 70%. W celu zmniejszenia presji zwierzyny płowej na drzewostan ogranicza się również jej liczbę poprzez odstrzał w ramach rocznych planów łowieckich, zgodnie z przyjętymi w wieloletnich łowieckich planach hodowlanych zagęszczeniami docelowym